اهداف مركز تحقيقات كارآزمايي باليني به شرح زير است:

1- توسعه و بكارگيري دانش بشري در زمينه علم

2- انجام پژوهش‌هاي بنيادي و باليني در جهت اصلاح ارائه خدمات بهداشتي درماني كشور به منظور جوابگويي به نيازهاي جامعه اسلامي

3- جمع آوري، تنظيم و طبقه بندي اسناد، مقالات و مدارك مربوطه و انتشار آنها

4- تربيت نيروي انساني محقق در زمينه تحقيقات كارآزمايي باليني

5- ترغيب تشويق و بكارگيري محققين

6- كوشش درجلب توجه و همكاري مراكز تحقيقاتي و اجرائي مربوطه در داخل كشور

7- همكاري علمي با مراكز تحقيقاتي و آموزشي ساير كشورها و سازمانهاي بين‌المللي با رعايت قوانين و مقررات دولت جمهوري اسلامي ايران